Na secção de Paleontologia podem apreciar-se 223 amostras de fósseis.
A secção de Zoologia compreende 428 espécimes que se encontram organizados segundo a divisão do Reino Animal, em nove Filos, destacando-se no Filo Artrópodes, a coleção de Coleópteros com 90 exemplares e, no Filo Moluscos, a coleção de conchas com 248 exemplares, representantes de 70 famílias de Gastrópodes e Bivalves.
O Filo Cordados está também representado por 100 exemplares característicos das diferentes Classes.
Na secção de Botânica, ressalta-se a coleção de 70 produtos vegetais oferecida à escola, em 1939, pelo, à época, Museu Agrícola Colonial de Lisboa.
Está ainda em exposição diverso material didático utilizado no ensino experimental das Ciências Naturais, destacando-se a coleção de modelos, mapas e microscópios que ilustra bem a evolução destes instrumentos ao longo do tempo.
O museu de Ciências Naturais da Escola Secundária de Latino Coelho – Lamego (antigo Liceu de Lamego) existe desde a construção do atual edifício (1931 – 1937), sendo algum do seu espólio, dessa década. Existem, no entanto, exemplares mais antigos como, por exemplo, um herbário de 1890, sementes datadas de 1903 e recolhidas no Jardim do Campo (em frente ao Edifício da Câmara Municipal) e os exemplares adquiridos no ano letivo de 1910-1911, para o então Gabinete de História Natural e que consta do anuário do Liceu.
Possui o mobiliário inicial desenhado pelo autor do projeto do edifício, o arquiteto Cotinelli Telmo, inovador para a época, ao conjugar a madeira com o metal e o vidro.
As coleções existentes no Museu de Ciências traduzem a importância dada à classificação, nomeadamente de espécies provenientes das antigas colónias, da Europa e do resto do mundo (coleções adquiridas em França e na Alemanha). O visitante poderá, assim, apreciar, na secção de Mineralogia e Geologia, amostras de minerais e amostras de rochas, e uma curiosa coleção de 20 compostos químicos cristalinos.
