O museu de Ciências Naturais existe desde a construção do atual edifício (1931 – 1936), sendo algum do seu espólio, dessa década. Existem, no entanto, exemplares mais antigos, como por exemplo sementes datadas de 1903 e recolhidas no Jardim do Campo e os exemplares adquiridos no ano letivo de 1910-1911, para o então Gabinete de História Natural e que consta do anuário do Liceu.